澳門外港位于澳門半島之東面，是為往來香港之定期客輪上落乘客所專用。外港航道寬為120公尺， 其海圖深度維持4.4 公尺。　　

澳門內港位于澳門半島西面，由34個碼頭組成，貨物之裝卸都在此運作，而內港14號碼頭只供獲本局批準之船只上落乘客。南舢舨碼頭位于內港8號與9號碼頭之間，供錨泊于內港之船舶上的人員登岸及離岸，且只限持有澳門居民身份證、 葡藉認別證或獲有權限當局批準的人士才可在此登岸及離岸，并應事前向該處的水警稽查分站報備。往內港航道及內港航道均為55公尺寬，兩者之海圖深度都維持3.5 公尺。　　九澳港位于路環島之東北面，九澳港包括有油庫碼頭、 水泥廠碼頭、集裝箱貨運站碼頭及發電廠碼頭，往九澳港之共同航道，寬為75公尺。